有的游戏加的有片头（比如一些汉化版的游戏），在添加时，会提示是否去掉片头，如果要使用软复位和金手指功能，则必须把片头去掉。但有个别游戏如果去掉片头会造成死机等情况，对于这种游戏不能去片头，不能使用软复位和金手指功能。
手动软复位功能
有的游戏加的有片头（比如一些汉化版的游戏），在添加时，会提示是否去掉片头，如果要使用软复位和金手指功能，则必须把片头去掉。但有个别游戏会出现去掉片头后死机或者无法去除片头等情况，对于这种游戏如果要开启软复位和金手指，需要使用软件中提供的手动软复位功能。
添加ROM时在是否选择压缩对话框中会出现“手动软复位补丁”的选项,选择它后，会弹出提示窗口“使用手动功能, 需要在压缩或烧写带软复位游戏出现游戏窗口时,手动操作游戏到标题画面,然后按 ESC键关闭窗口”。如果此时没有选择此选项，也可以在随后通过双击ROM列表在ROM属性编辑窗口中选择是否使用手动软复位功能。
使用手动软复位补丁功能后，在压缩或烧写带软复位游戏出现游戏窗口时，需要通过键盘操作来运行游戏，此时可以按Z键或者回车键跳过片头画面直到出现游戏标题画面，就可以按ESC键关闭游戏窗口了。经过这样处理，带片头的游戏就可以正常使用软复位和金手指功能了。
4.游戏名的编辑
GBALink系统的一个特点是，支持中文游戏名，并且可以由用户自行编辑。
在系统参数中“游戏名”一项的默认值是“自动替换成中文名”，意思是你添加的每一个游戏，软件会自动找到它的中文名称，并显示出来，并且在GBA上的合卡菜单项中显示的也是中文名称。
另外，游戏名也可由用户自行修改。选中列表中的某个ROM，然后单击鼠标右键，然后选择“属性编辑”，在弹出的窗口中可修改游戏名。修改游戏名除了可以选择已有的中文名、英文名，还可以重新编辑游戏名。
游戏名实际是程序自动在游戏名库中选择的。游戏名库是事先设置好的，它包括各个游戏对应的中文名称、英文名称、ROM名。非常方便的是，游戏名库也可由用户来编辑。
游戏名库的维护：（本项仅对有一定电脑操作水平的用户，一般用户可以到我们网站下载最新版软件即可）
在安装好的GBALink软件的目录下有一个文件：romname.lst，这就是游戏名库，可以用记事本、写字板等工具来编辑。对于一个游戏，它的游戏名包括三部分：ROM名、中文名、英文名。ROM名指ROM程序内的游戏名，ROM名的提取的过程是：首先在“烧写卡带”中添加ROM，之后按前面说的方法，进行“属性编辑”，在游戏名下拉框上点击鼠标右键选择“复制ROM名到剪贴板”，这样就得到ROM名了。中文名是根据游戏的英文名翻译过来的，可以自己翻译，也可以在网上查到。英文名一般都是标准的唯一的。当有新的ROM发表时，可以自行在romname.lst添加这三项信息。但格式一定要严格照前面的格式。需要注意的是，中文名的长度限制为18个汉字，英文名的长度限制为36个英文字符，超长的游戏名在软件提取时会自动截断到允许的长度。
5.密码功能
密码功能可以实现对整个卡带的加密，也可实现对单个ROM的加密。
卡带密码：在系统参数中有“卡带密码”选项，选中本项，会对整个卡带加上密码，在GBA上运行时，需要密码才能进入游戏或者菜单选项。在PC上设置密码时可以使用密码输入下拉框来选择已经设置好的密码，或者使用特定的按键来手动输入，"I K J L"是GBA的上下左右键，"Z X"是GBA的AB键，"A S"是GBA的LR键，其中方向键支持4个斜方向。这项功能对ZIP系列卡带和128M专用合卡均可使用。
ROM密码：在烧写卡带时，添加的ROM列表中的每个ROM都可以单独加密，具体可以通过编辑ROM的属性来实现。密码的特性和卡带密码相同。不同之处在于，在GBA上，可以出现游戏选择菜单画面，对于加密的ROM，要输入密码才能运行。
GBA上的密码输入界面
注：因为需要保证密码识别的正确，以及识别斜方向，所以在GBA上输入密码时，按方向键时需要一定的延迟，不能太快。
6.时钟功能
1.PC端的时钟功能
PC端提供了“时钟同步功能”，这个功能可以自动调整卡带的时钟，令卡带的时钟与PC的时钟同步。
具体操作方法：连接好GBALink系统，插好ZIP II系列卡带，进入等待连接模式。单击“卡带”菜单下的“卡带时钟同步”，会出现“设置卡带时钟”窗口，单击“同步时钟”按钮即可。
