《逆转裁判》系列中登场的天才检察官御剑怜侍本次成为了主人公的这款作品《逆转检察官》，在不久前对新剧情的基本概要介绍进行了公布后，第二话主要的剧情内玩家所要做的事情也得到了公开。
最新事件所发生的舞台是在天空上面，御剑所乘坐的飞机内发生了杀人事件。受害者是一名戴着眼睛的年轻男人。而成为了第一个发现尸体的御由于当场被他人所发现，因此这个时候，他也成为了嫌疑人。在这么一个情况下，为了排除自己的嫌疑，御剑开始了线索搜查。
为了证明自己的清白，御剑开始对事件的现场——客机进行了搜索，这是一架大型飞机，各种设施都弃权。通过各种物品和细节的调查来找到对应的证据这一步是不可缺的。另外一方面，在搜索证据的途中，还能够和飞机上的各种乘客对话，找到对应的物品。
