NDS版《最终幻想3》是以1990年在任天堂红白机上推出的同名作品所重制，也是本作品自发售以来首度重制，游戏的故事剧情、人物设定、系统、影音表现等内容都有大幅的强化改良。

　　在NDS版中，赋予了4名登场主角明确的出身背景与个人性格，除了承袭原作的主线剧情之外，并将加入许多与主角们相关的剧情，并由曾担任《最终幻想12》、《最终幻想战略版》、《皇家骑士团》角色设定的吉田明彦重新绘制。游戏画面以全3D方式重新制作，音乐音效也经过重新编曲制作。

　　在游戏系统方面，NDS版承袭了FC版原作首度加入的转职系统，提供包括战士、骑士、猎人、武僧、龙骑士、盗贼、黑魔道士、白魔道士、风水师……等数十种职业供玩家自由转换，并修正了各职业的能力值设定，提供更高的平衡度。战斗的部分同样是以全 3D 方式呈现更为生动华丽的演出，系统部分则是承袭原作的设定，并加入新的要素，除了传统的按钮操作之外，也可以使用触控笔进行操作。

　　人物个性化：

　　原作中的4位主人公没有姓名也没有性别，连基本的出身、经历都完全是谜。而此次的移植版不仅为每个人增加了姓名，还为他们增添了各异的性格和个性，而4人究竟是如何成为同伴以及各自的经历也将一一解明。

　　转职系统大幅强化：

　　《最终幻想III》的转职系统可以根据不同的战况随时变更角色的职业，以发挥必要的特技。对于这点NDS版并未进行改变只是对平衡性作了调整，而且新增了多种新技能。

　　在FC版中，玩家初期是处于“无职(すっぴん)”状态，而立即可以进行转职的有白魔道师、黑魔道师、红魔道师、战士、武斗家等几种初期职业。随着游戏的进行，受到水晶启示后的角色们可以转换的职业也不断的增加。无论是在城市中还是在迷宫中，玩家可以随时进行已获得职业的转职。但是唯一比较头痛的就是要先卸下全部装备，以“赤裸”的状态进行转职，转职后在装备上新职业可以装备的武器或防具，而FC版中的道具菜单不是十分人性化，因此使得频繁的转职会带来很大的麻烦，相信这点会在NDS版中得以改善。

　　目前已经公开的可以进行转职的职业有以上12种，除此之外还将有导师、吟游诗人、空手家、贤者、幻术师、魔界幻士、魔人、魔剑士、忍者9种职业尚未公开。另外，NDS版中每种职业的造型都分为男女两种。

　　召唤兽和莫古利

　　《最终幻想》系列的一大特征“召唤兽”系统就是从《最终幻想III》开始出现的，而FC版中召唤兽是通过“黑”、“白”、“合体”等魔法来释放。